Henry Kissinger có tên khai sinh là Heinz Alfred Kissinger chào đời tại Fürth, Bayern, Cộng hòa Weimar (nay là Cộng hòa Liên bang Đức) vào năm 1923 trong một gia đình người Đức gốc Do Thái.[7] Cha của ông là Louis Kissinger (1887 - 1982), một giáo viên. Mẹ của ông là Paula (Stern) Kissinger (1901 - 1998) đến từ Leutinghausen, một người nội trợ. Kissinger có một em trai, Walter Kissinger (sinh năm 1924). Tên họ Kissinger được ông kị của ông Meyer Löb chọn đặt vào năm 1817, theo thị trấn nghỉ dưỡng Bad Kissingen.[8] của Bayern. Khi còn trẻ, Heinz thích chơi bóng đá và chơi cho câu lạc bộ yêu thích SpVgg Fürth, một trong những câu lạc bộ tốt nhất nước Đức lúc bấy giờ.[9] Năm 1938, khi Kissinger 15 tuổi, gia đình chạy trốn khỏi cuộc đàn áp của Đức Quốc xã, gia đình ông đã định cư một thời gian ngắn ở London, trước khi đến New York vào ngày 5 tháng 9.

Kissinger trải qua những năm học trung học tại khu vực Washington Heights của Upper Manhattan. Mặc dù Kissinger đã hòa đồng nhanh chóng vào văn hóa Mỹ, nhưng ông không bao giờ đánh mất giọng Đức.[10][11] Sau năm đầu tiên tại trường trung học George Washington, ông bắt đầu đi học vào ban đêm và làm việc trong một nhà máy sản xuất bàn chải cạo râu vào ban ngày.[12]

Sau khi học trung học, Kissinger đăng ký vào trường Cao đẳng Thành phố New York ngành kế toán. Việc học hành của ông đã bị gián đoạn vào đầu năm 1943, khi ông được gọi nhập ngũ vào Lục quân Hoa Kỳ.[13]